为规范总局立法工作，保证立法质量，提高立法效率，国家食品药品监督管理总局组织制定了《国家食品药品监督管理总局立法程序规定》（以下简称《规定》），于2013年9月27日经总局局务会议审议通过，10月24日以总局1号令发布。
该规定共九章五十条，规定了立项、起草、审查、审议与发布、备案与解释、评估清理与汇编、规范性文件的审查与清理等。
《规定》除进一步细化要求、完善制度、优化程序外，在以下几个方面进行了重点修改：一是将科学立法和民主立法写入立法原则，强调要遵循客观规律、坚持改革创新、提高行政效能、保障法制统一、维护公平正义；二是拓宽公众参与立法的渠道，保障公众的知情权和表达合理诉求的权利，公众可以通过信件、局互联网留言等多种途径向总局提出有关立法建议；三是探索建立立法重大决策风险评估和立法后评估制度，对立法草案涉及食品药品监管体制机制、管理措施有重大调整，或者对人民群众切身利益、食品药品产业发展可能产生重大影响的，起草部门应当进行风险评估；四是建立规章和规范性文件定期清理制度，发现有不符合经济社会发展要求，与上位法相抵触、不一致，或者相互之间不协调的，要及时修改或者废止，清理结果要向社会公布。五是强化法制司归口管理，充分发挥法制机构的组织、协调作用，确保立法工作规范化。